بعد خروجه من ادارة قناة الجزيرة واتهامه لها بالتعامل الازدواجي مع القضايا العربية ، ناكراً بذلك سبب استقالته عن وجود خلاف كبير مع عزمي بشارة ، حيث خرج وضاح خنفر عن صمته وسباته الطويل ، بصب جام غضبه على ايران ، موضحا الدوافع وراء هذا الغضب من خلال هذا الفيديو:
يذكر ان البعض اتهم وضاح خنفر بالتحيز المؤيد للإسلاميين.[42] ورد خنفر على هذه الاتهامات في مقابلة أجرتها معه صحيفة ” ذا نيشن” عام 2007 قائلاً: “أصبح الإسلام أكثر أهمية الآن في المجالات السياسية والاجتماعية المؤثرة في العالم العربي، وتعكس تغطية الشبكة ذلك. ربما لدينا المزيد من الأصوات الإسلاموية “على الشبكة”بسبب الواقع السياسي على الأرض”.[42] في يونيو 2007، ندد حافظ الميرازي، مدير مكتب قناة الجزيرة بواشنطن، بما رآه “انحرافًا إسلامويًا” للقناة، وخص بالذكر خنفر على وجه الخصوص، قائلاً: “منذ اليوم الأول لعهد وضاح خنفر، كان هناك تغيير جذري، خاصة بسبب اختياره مساعدين إسلاميين متشددين”.
خلال حرب العراق، بثت قناة الجزيرة تقريراً مفاده أن القوات الأمريكية داهمت النجف واعتقلت الزعماء الدينيين من الطائفة الإسلامية الشيعية، واتضح عدم صحة ذلك. دافع خنفر عن الخطأ الفادح باعتباره خطأً غير مقصود.
